С целью сохранения генетического многообразия животных северной части Евразии, осуществляются Международные комплексные научно-производственные программы, во многих из них, вместе с другими зоопаpkами и природоохранными учреждениями участвует и mockoвckий зоопаpk.
 
Сохранение дрофиных птиц Евразии
Все три вида семейства Дрофиных, обитающие на территории России и сопредельных государств: дрофа (Otis tarda), стрепет (Tetrax tetrax) и джек, или дрофа-красотка (Chlamydotis undulata) являются глобально угрожаемыми видами, занесенными в Красную книгу Российской Федерации, в Красный список МСОП и в Приложения СИТЕС.
Целями программы являются:
- Разработка унифицированных (стандартизированных) методов вольерного содержания и  разведения дрофиных птиц Евразии как одного из стратегических направлений их сохранения.
- Объединение и консолидация усилий и научно-производственного опыта участников Программы - зоопаpkов и зоопитомников в области оптимизации вольерного разведения дрофиных птиц.
 
Горные копытные Евразии
В качестве основных объектов программы избраны как редкие виды, подверженные риску уничтожения в природе, так и горные копытные, редкие в живых коллекциях.
Основная цель Программы: создание устойчивых, стабильно размножающихся и генетически полноценных вольерных популяций (группировок) горных копытных Евразии, где особое внимание следует уделить редким видам: винторогому козлу и горным баранам (их подвидам) - для накопления резерва животных в целях гарантированного сохранения генофонда и экспериментов по реинтродукции их в природу.
 
Белоплечий орлан
Белоплечий орлан является видом, занесенным в Красную книгу Российской Федерации (2001), Международную конвенцию СИТЕС (Приложение II), Боннскую конвенцию (Приложение 1) и двусторонние соглашения в рамках Конвенции по охране мигрирующих птиц между Россией, США, Японией и Кореей.
Основная цель проекта - создание предпосылок для долговременного выживания вида в условиях глобальной трансформации естественных местообитаний, связанной с перспективой их промышленного освоения. Создание в системе коллекций зоопаpkов и питомников устойчиво размножающейся группировки (искусственные популяции) белоплечего орлана, как резерва для пополнения природных популяций.
 
Сохранение журавлей Евразии
Все журавли Палеарктики - гнездящиеся перелетные виды с низкой численностью, вызванной как особенностями биологии, так и сокращением мест обитания под действием множества антропогенных факторов и, в частности, браконьерства.
Журавли связаны с водно-болотными угодьями, которые они используют во все сезоны и этапы годового цикла. Это обстоятельство играет решающую роль в падении численности большинства видов журавлей, поскольку водно-болотные угодья повсеместно стали объектом хозяйственного освоения.
Биология журавлей характеризуется такими чертами, как территориальность, филопатрия, малая плодовитость, моногамия, продолжительный онтогенез, совместная забота о потомстве обоих супругов, долгая опека молодых птиц родителями, вплоть до весенней миграции. Продолжительность жизни журавлей в природе не изучена, в условиях неволи она может достигать 80 и более лет.
Долголетие журавлей повлияло на их интеллект. Журавли довольно хорошо привыкают к условиям неволи, чему служат многочисленные факты успешного размножения журавлей, поступивших из природы. Умные птицы, они умеют различать отношение человека к ним в разных местах их ареала. Если на местах гнездования журавли - одни из самых скрытных птиц, то на местах зимовок, где нет угрозы для потомства от хищников и преследования человеком, спокойны к присутствию большого числа людей. Это характерно для всех видов (стерх на зимовке в национальном парке Кеоладео, черные и даурские журавли на зимовке в районе г. Изуми, японские журавли на подкормочных площадках о. Хоккайдо, красавки в Индии).
Поражает факт гнездования канадских журавлей вблизи поселений во Флориде, США. Местные жители привлекают птиц на подкормочные площадки. Гнездящиеся канадские журавли даже приводят подросших птенцов и буквально берут корм из рук человека (Кашенцева, 2002). Такой факт возможен только благодаря огромной работе по пропаганде охраны журавлей при поддержке правительства и природоохранных фондов.
Пресс хищников невелик. Добычей хищников могут стать яйца и птенцы, оставленные родителями, а также ослабленные и больные особи. Известны случаи, когда японские журавли отводили от гнезда медведя.
Особой причиной сокращения численности журавлей редких видов является  повсеместное браконьерство. Журавли - крупная мишень, что при низкой культуре населения играет роковую роль для этих птиц. Кроме того, во многих странах Азии журавлей отлавливают для содержания в подворье и использования в качестве подсадных птиц. 52 взрослых стерха, содержащиеся в китайских зоопаpkах, пойманы на зимовках (Kashentseva, Belterman, 2001). И это - лишь малая легализованная часть птиц, отловленных на зимовке и местах отдыха во время миграций.
Цель программы - сохранение генофонда журавлей и, особенно, редких и исчезающих видов, путем создания стабильно размножающихся и генетически полноценных вольерных популяций на территории Евразии для пополнения коллекций зоопаpkов и восстановления угасающих природных популяций.
 
Редкие и исчезающие гусеобразные Евразии
В качестве основных объектов программы избраны виды, внесенные в Красную книгу Российской Федерации. Кроме того, большое значение в Программе придано редким видам, требующим постоянного внимания и продолжения исследований в области методов разведения и реинтродукции в нашем регионе, а так же видам, редким в коллекциях и представляющим культурно-просветительную и научную ценность.
Цель программы - разработка и реализация стратегии сохранения и восстановления численности редких видов гусеобразных путем интенсивного разведения в искусственных условиях и последующей реинтродукции в природу. Создание необходимого числа устойчивых, стабильно размножающихся и генетически полноценных группировок (искусственных популяций) редких видов гусеобразных в зоопаpkах и питомниках.
 
Создание резервных популяций азиатской дикуши
Дикуша Falcipennis falcipennis (Hartlaub, 1855) – эндемик России, занесена в Красную книгу Российской Федерации. Численность низкая и катастрофически снижается.
Целями прогаммы являются:
- Разработка методики разведения дикуши в искусственно созданных условиях.
- Разработка и оптимизация режима круглогодичного вольерного содержания дикуши в искусственно созданной среде.
- Создание стабильно размножающейся и генетически полноценной вольерной  популяции азиатской дикуши в искусственно созданных условиях.
- Осуществление выпуска маточного поголовья вольерного разведения на географически изолированных участках темнохвойной тайги в Новосибирской области.
- Изучение процесса акклиматизации и натурализации азиатской дикуши при создании резервных популяций.
 
Перспективный план реинтродукции лошади Пржевальского в Оренбургской области
План разработан в 2002-2003 гг. Институтом проблем эволюции и экологии им. А.Н. Северцева РАН. mockoвckий зоопаpk включен в него как соисполнитель работы. Сотрудниками mockoвckого зоопаpkа уже оказывается консультативная помощь ИПЭЭ РАН по проектированию акклиматизационного комплекса вольер в Оренбургской области. В перспективе подбор животных из коллекций наших и зарубежных зоопаpkов для выпуска их в природу (реинтродукции).
 
Сохранение популяций дальневосточного (амурского) леопарда и амурского тигра
mockoвckий зоопаpk участвует в международной программе по амурским тиграм и дальневосточным леопардам. Спасти угасающие популяции этих крупных кошачьих можно только совместными усилиями мирового сообщества. По оценкам специалистов на Дальнем Востоке России осталось от 25 до 40 леопардов, и еще 4-7 особей, возможно, обитают в китайской провинции Цзилинь. В настоящее время эту программу поддерживает Лондонское зоологическое общество, фонд "Tigris", Всемирный фонд дикой природы, общество охраны диких животных и англо-российский фонд "Амур". Изучается современное состояние популяции дальневосточного леопарда, готовятся рекомендации по его сохранению в пределах исторического ареала. зоопаpkи в перспективе будут участвовать в программе по реинтродукции, размножая дальневосточного леопарда в неволе.
Одна из основных задач текущего момента - сохранение генетического разнообразия дальневосточного леопарда, как в искусственной среде обитания, так и в природной его популяции.
В рамках программы, помимо исследований современного состояния природной популяции амурского тигра, координируется работа зоопаpkов по разведению этого исчезающего подвида тигра в неволе. Дальнейшее развитие этой программы принесет реальную пользу делу сохранения двух редчайших кошек планеты.
 
Восстановление популяции сирийской чесночницы в Грузии
Популяция сирийской чесночницы постоянно сокращается, вид внесен в Красную Книгу Грузии, как находящийся под угрозой исчезновения.
Сотрудники mockoвckого зоопаpkа совместно с грузинскими коллегами ведут работу по восстановлению исчезнувших популяций этих земноводных путем разведения в неволе и выпуска головастиков в природные водоемы.