Практически ничем - флис, это общее название ткани такого типа. Полартек - это также флис.
Существует мнение, что флис - это плохо, а полартек - это хорошо. Да, существуют неизвестные фирмы, плодящие неизвестные марки флиса очень низкого качества, производящие его в Корее, Китае. На заре перестройки китайцы очень обильно "забрасывали" изделия из этой ткани на наш рынок, в связи с чем и возникло такое мнение. Существует несколько весьма уважаемых фабрик, производящих флис высочайшего качества, и не меньшее количество столь же уважаемых фабрик, производящих из этого флиса изделия высочайшего качества.
Например, Patagonia шьющая из так называемого, шиншилла-флис, а также еще масса известных фирм, производящих изделия из флиса: VauDe-Pontetipto Fleece, Big Pack -Trevira Fleece и многие другие.
Отличие в качестве между полартеком и флисом известных марок незаметны. Потому что производство и полартека, и флиса имеют общую проблему: производство не ткани, а волокна. Особое свойства этим материалам приносит именно волокно, разработанное фирмой Дюпон.
Однако, если фирма делает волокно, соизмеримое по качеству волокну Дюпона, то ткань по качеству будет очень близка к полартеку. Или не будет отличаться от него совсем.
Технология плетения ткани известна, отработана и, в общем, не сложна - это трикотаж, с вплетенным в структуру ворсом. У подделок ворс может быть элементарно приклеен.
Как работает ткань можно посмотреть в статье про полартек.
Окончательным выводом может стать то, что отличий флиса от полартека НЕТ ни в качестве, ни во внешнем виде, ни в сроке эксплуатации - ни в чем. Флис - ткань просто менее "раскрученная" и менее дорогая в силу меньших расходов на рекламу и так далее и так далее…

О ценах
Полартек на фабрике в Америке стоит 6-8 долларов за погонный метр. Перевозка, доставка, таможня - в итоге в России цена вырастает практически вдвое (12-17 долларов).
Флис же, так как производится, в основном, в Европе (следовательно, доставка - дешевле, отпускная цена - ниже) в России стоит не 12-17, а 7-9 долларов за погонный метр.
Как следствие, на изделия из флиса гораздо более низкие цены.

Дополнительная информация:

Сайт фирмы Malden Mills	Сайт фирмы DuPont	Очень интерестный магазин в Канаде с ценами и описаниями различных тканей.